Administrateur de l’État, Frédéric Perissat a débuté sa carrière comme instituteur en France et en Allemagne. Après avoir réussi le concours de l'École nationale d'administration (ENA), promotion Victor Schoelcher, il s’engage dans la carrière préfectorale.

Entre 2013 et 2023, il a occupé plusieurs postes de préfets dans les Ardennes, les Landes, la Dordogne et la Manche. 

En 2023-2024, Frédéric Perissat, a également occupé le poste de  Directeur délégué de la Cellule interministérielle de crise "pénurie eau Mayotte" auprès du Premier ministre.